Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Dabei helfen ihnen Ratte Splinter und die junge April O'Neil. Der Ursprung der Frau namens Bishop. Warum hasst sie Mutanten? Was ist das Geheimnis der Mechazoiden? Und was geschah wirklich in der Nacht, in der die Turtles in Bishops Falle gingen?