Captain Picard versucht alles, um seinen Freund und Kollegen Data zu retten. Der Android hat gegen die Oberste Direktive der Föderation verstoßen und soll nun deaktiviert werden. Während er versucht, herauszufinden, was zur Fehlfunktion des Crew-Mitglieds der "Enterprise" geführt hat, kommt Picard einer Verschwörung auf die Spur. Dabei geht es um die Bewohner eines Planeten, der ganz erstaunliche Eigenschaften aufweist. Die Oberste Direktive der Föderation besagt, dass man nicht in die Entwicklung einer anderen Zivilisation eingreifen darf. Daher kann es Captain Picard (Patrick Stewart) nicht fassen, dass ausgerechnet sein Freund Commander Data (Brent Spiner) einen geheimen Beobachtungsposten auf dem Planeten Ba'ku angegriffen und enttarnt haben soll. Der Android ist scheinbar außer Kontrolle geraten und soll nun deaktiviert werden, da es durch ihn zu einem Erstkontakt mit der einheimischen Zivilisation gekommen ist. Picard und die Crew der "Enterprise" wollen jedoch selbst herausfinden, wie es zu einer Fehlfunktion ihres Kollegen kommen konnte. Dazu begeben sie sich selbst auf den Planeten und finden ein regelrechtes Paradies vor. Sie treffen auf eine friedliche Zivilisation, die hauptsächlich Agrarwirtschaft betreibt und viel weiter entwickelt ist, als es zunächst scheint. Nach wenigen Stunden macht sich dann die Besonderheit von Ba'ku bemerkbar: Eine Strahlung auf dem Planeten bewirkt eine ständige Verjüngung der Zellen und heilt Krankheiten. Dieses Phänomen führt zu einer Verschwörung von Teilen der Föderation und den Anführern der Son'a gegen das dort heimische Volk der Ba'ku. Ahdar Ru'afo (F. Murray Abraham), Anführer der Son'a, hat sich mit Admiral Dougherty (Anthony Zerbe) verbündet. Gemeinsam wollen sie die Bewohner des Planeten gegen deren Willen umsiedeln, um deren Welt in Besitz zu nehmen. Captain Picard will dies mit allen Mitteln verhindern. Doch dazu muss er nicht nur die Befehle seines Vorgesetzten missachten, sondern auch das Kommando auf der "Enterprise" abgeben. Nach dem enormen Erfolg von "Star Trek: Der erste Kontakt" war es nicht verwunderlich, dass zwei Jahre später erneut Jonathan Frakes auf dem Regiestuhl Platz nahm. Doch der neunte Teil der Filmreihe unterschiedet sich nicht nur von seinem Vorgänger, sondern bildet allgemein eine Ausnahme. In der Geschichte treten moralische und ethische Aspekte – trotz der gewohnten Spannung und Action – deutlich in den Vordergrund. Diese kam nicht bei allen Zuschauern gut an, die Betonung der menschlichen Seite – vor allem bei Captain Picard – hatte jedoch vor allem für eingefleischte "Star-Trek"-Fans ihren besonderen Reiz.

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