Seit seiner Auseinandersetzung mit den Maschinen liegt Neo in einem mysteriösen Koma, da sein Bewusstsein in einer Zwischenwelt zwischen der Realität und der Matrix gefangen ist. Morpheus und Trinity versuchen, ihn durch einen Deal mit dem Merowinger zu befreien, während Agent Smith die Matrix wie ein Virus bedroht. Zion steht kurz vor dem Fall durch die Maschinen, und Neo muss in die Maschinenwelt, um einen riskanten Vorschlag zu unterbreiten.

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